KKK ka filluar më punë ne vitin 2005 si trup joformal i bashkangjitur delegacionit kosovar në bisedimet për statusin dhe është i formuar prej përfaqësuesve të komuniteteve joshumicë. Këshilli ka formuar kornizën për mbrojtën e të drejtave të komuniteteve në Kosovë e cila ka mundësuar dhe zhvilluar sistemin e akteve kushtetuese dhe ligjore për të siguruar mbrojtjen e plotë të drejtave individuale dhe të drejtave të komuniteteve për përfaqësuesit e komuniteteve joshumicë në Kosovë. Korniza është prezantuar gjatë bisedimeve për statusin dhe më vonë ka shërbyer për hartimin e Ligjit për avancimin dhe mbrojtjen e të drejtave të komuniteteve dhe përfaqësuesve të tyre, të miratuar ne vitin 2008 (Ligji për Komunitete).
KKK është formuar në bazë të nenit 60 të Kushtetutës së Republikës së Kosovës, nenit 12 të Ligjit për Komunitete. Këshilli është formuar formalisht më dekret të Presidentit më 15 shtator 2008 dhe ka mbajtur seancën inauguruese më 23 dhjetor 2008.